Gå til indhold
FORSIDEN | LÆS OP | REN TEKST | PRINT | SITEMAP |
header ouh 1ouh header 2

Danmarks største computer assisterer genomforskerne

Ac

Muligheder og begrænsninger i viden og teknologi følges ad, når forskere undersøger millionvis af informationer i kroppens celler. Med supercomputeren Abacus 2.0 på Syddansk Universitet bliver det nemmere og billigere at blive klogere.


Abacus 2.0 er det 21. århundredes svar på kuglerammen og har da også fået navn efter fortidens regnemaskine. Der er løbet meget vand i åen, siden den første kugleramme så dagens lys for 4500-5000 år siden, og de beregninger, Abacus 2.0 præsterer, er da også aldeles usammenlignelige med effekten af at forskyde kugler på vandrette stænger. Med en ydeevne på 582,2 såkaldte teraflop/s kan supercomputeren lave over en halv billiard beregninger i sekundet. Det gør den 2000 gange hurtigere end en meget hurtig spillecomputer. 

- Supercomputeren kan det, som vi mennesker ikke kan, og fremtiden vil dermed kunne bringe forskningsresultater, vi aldrig nogensinde ellers ville have set, siger SDU’s rektor Henrik Dam.

Han betoner især, at supercomputeren, som er del af det nationale DEIC High Performance Computer center på SDU, kan bruges af alle forskere: Eksempelvis kan kemikeren designe nye molekyler, lægen undersøge receptorer til den sidste nye medicin, humanisten analysere millioner af Facebook-sider for at finde nye sociale sammenhænge, og juristen gennemgå titusinder af domme for at se, hvordan de påvirker hinanden.

Der skal store muskler til
Torben Kruse er professor og forskningsleder i klinisk genetik på SDU og OUH og leder af Klinisk Genom-Center. Han ser et stort potentiale i at kunne bruge supercomputeren til at sekvensbestemme hele genomer. Hvis den mængde data skulle skrives på papir, ville det fylde 2000 tætskrevne bøger eller 80 hyldemeter for hver person. Abacus kan klare udregningerne på få timer.

- Hvert enkelt menneske har 6 milliarder målepunkter, som hver især kan være vigtige for at finde frem til årsager til arvelige sygsomme. At lave beregninger og analyser i den størrelsesorden kræver computerplads og -kraft, siger Torben Kruse.

Selv arbejder han med målrettet med individuel behandling af brystkræft.
- Det er bemærkelsesværdigt, at kun cirka 20 procent af brystkræftpatienter reelt har gavn af medicinsk behandling efter operation, for resten ville ikke have fået tilbagefald alligevel eller er resistente over for behandlingen. Det vil vi gerne gøre bedre, og det kræver, at vi kan komme helt tæt på genomerne og deres betydning. Her kan Abacus gøre en stor forskel, fortæller Torben Kruse.

400 computere i én
Supercomputeren har til huse i et kælderlokale på SDU’s campus i Odense, hvor tykke bundter af kabler og kæmpestore udluftningskanaler snor sig langs loftet. Den får sin regnekraft fra knap 400 computere, som er forbundet i et højhastighedsnetværk. Og som ekstra understøttelse for Abacus har universitetet indkøbt en netværks-harddisk, som har plads til en petabyte. Det svarer til en billiard bytes.
Også virksomheder kan få glæde af Danmarks største computer. Således kan op til 20 procent af dens køretid købes af eksterne virksomheder og samarbejdspartnere.

MERE AT VIDE? 

 

Torben Kruse
Professor, leder af Klinisk Genom-Center, Torben Kruse 
 Tlf. 65411963
Mail: torben.kruse@rsyd.dk

 /Marianne Lie Becker


Siden er sidst opdateret: 29-04-2015 af Odense Universitetshospital.